1509
Stanza della Segnatura, Palazzi Vaticani, Città del Vaticano
Affresco, base 770 cm circa

Innovativa e rivoluzionaria fu la scelta di Raffaello  di celebrare in quest’opera, nella Stanza della Segnatura sulla parete opposta ad un altro grande affresco di sua mano Disputa del Sacramento in cui si parla di fede e teologia, la ricerca razionale del vero che, in quegli anni di apertura alla sapienza antica, si compenetrava con il vero rivelato dal Cristianesimo. Così, all’interno di un’architettura magniloquente e di impronta classica, che trovava ispirazione nei coevi progetti di Donato Bramante per il nuovo San Pietro, sono rappresentati filosofi e saggi dell’antichità intenti a dialogare tra loro dominati, al centro della scena, dalle figure di Platone che regge in mano la sua opera Timeo ed indica il cielo con un dito (alludendo al mondo delle idee),  e di Aristotele che regge l'Etica rivolge il palmo della mano verso terra rivolgendosi al mondo terreno.  I gesti di entrambi, come degli altri dotti e sapienti, sono eloquenti delle loro opere e del loro pensiero ed è notevole che Raffaello sia ricorso alla disposizione dei personaggi a gruppi, gruppi intenti a dibattere su questioni di ordine filosofico.
Unica donna della scena, sulla sinistra, è la matematica d'Alessandria Ipazia, che sembra anche essere l'unico personaggio con cui l'osservatore possa entrare in comunicazione: nessun altro infatti volge lo sguardo in direzione del medesimo.
A sinistra della scena domina la statua di Apollo, mentre a destra quella di Minerva sotto i quali sono dipinti due rilievi: una Lotta di ignudi ed un Tritone che rapisce una nereide.

Ancor più della Disputa del Sacramento, nella Scuola di Atene sono raffigurati nei panni dei saggi dell’antichità personaggi contemporanei. Se nella figura di Platone si è pensato di riconoscere Leonardo da Vinci, all’estrema destra si sono identificati il ritratto del Sodoma di Bramante, e l’autoritratto di Raffaello; nella porzione sinistra della scena è effigiato Francesco Maria della Rovere, mentre nella figura di Eraclito, seduta e appoggiata con il gomito sinistro sul primo gradino della scalinata (figura aggiunta forse  in un secondo momento in quanto nella Pinacoteca Ambrosiana di Milano è conservato il cartone finale disegnato di proprio pugno da Raffaello, dove non compare la figura di Eraclito), Raffaello raffigurò Michelangelo. Probabilmente l'autore, dopo aver visto il lavoro che Michelangelo aveva compiuto per la Cappella Sistina (una cui parte viene mostrata il 14 agosto 1511), si è sentito in dovere di aggiungere il ritratto del suo rivale nel suo affresco, dandogli le sembianze del filosofo greco.

In un primo momento, dall'affresco può trasparire confusione: un gran numero di filosofi sono raffigurati essenzialmente su due soli piani. Oltre ai già citati, tra gli altri s'incontrano Pitagora, intento a scrivere su di un libro; Socrate in una veste dal colore verde bottiglia, che sembra incitare al dialogo il piccolo gruppo di persone che gli sta davanti; Diogene, steso sulla scalinata quasi in simmetria con Eraclito. Il motivo personaggistico dell'opera è identico a quello della Disputa: la presenza di così tanti filosofi di varie epoche a significare il desiderio è lo sforzo per arrivare al vero, già comune a tutta la filosofia antica. Il punto di fuga sta tra le figure dei due grandi, Aristotele e Platone, quasi a volere indicare che il vero abbia caratteristiche già intuite da questi due filosofi, i cui pensieri furono di indubbia importanza per lo sviluppo del pensiero occidentale.